Chùa Bút Tháp nằm trên một dải đất có lịch sử lâu đời đặc biệt là nằm trong không gian văn hóa Luy Lâu - trung tâm của Phật giáo trong nhiều thế kỉ. Ngôi chùa này còn có nhiều tên gọi khác nhau. Tương truyền: thuở xưa từng đàn chim Nhạn thường bay về đậu trên tháp đá Ninh Phúc tự - cảnh thiền đất lành chim đậu và tên chùa Nhạn Tháp, xã Nhạn Tháp cũng được hình thành từ đây. Sau này trên các bi kí thời Lê thế kỉ XVII-XVIII đều ghi là Nhạn Tháp.